Kuluçka makinesinin sol ve sağ taraflarında, üst ve alt taraflarında birer sıra havalandırma deliği bulunmaktadır. Havalandırma delikleri sadece havayı havalandırmakla kalmaz, aynı zamanda üst ve alt taraflar arasındaki sıcaklık farkını da ayarlar. Embriyonun gaz metabolizması ve fizyolojik çalışması nedeniyle ventilasyon zayıfsa anormal fetal pozisyon ve hatalı biçimlendirilmiş embriyolar ve hatta ölüm olacaktır. Kuluçkanın erken evresinde, düşük madde metabolizması nedeniyle daha az oksijen ihtiyacı olurken, sonraki evrede metabolizma güçlüdür ve daha fazla oksijen ihtiyacı gereklidir. 19 gün sonra embriyo ciğerleri ile nefes almaya başlar ve daha fazla oksijene ihtiyaç duyar. 19 gün sonra, embriyo akciğerlerden nefes almaya başlar, bu nedenle inkübatör, inkübasyon sırasında aşamalı olarak belirli bir havalandırma derecesi sağlamalıdır.





